U kvalifikačních dohod je nezbytné důsledně rozlišovat, zda se jedná o dohodu o zvýšení kvalifikace, nebo o dohodu o prohloubení kvalifikace. Z § 234 odst. 1 a odst. 2 zákoníku práce jednoznačně vyplývá, že dohodu o zvýšení kvalifikace je možné uzavřít bez ohledu na výši předpokládaných nákladů, které zaměstnavatel na zvýšení kvalifikace zaměstnance vynaloží.

Naopak kvalifikační dohodu o prohlubování kvalifikace je možné uzavřít pouze v případě, že předpokládané náklady dosahují alespoň částky 75.000,- Kč. V případě, že dojde k uzavření kvalifikační dohody o prohlubování kvalifikace, není možné zaměstnanci prohloubení kvalifikace uložit, a to z toho důvodu, že zaměstnanec bude vázán stabilizačním závazkem, a proto musí mít možnost se svobodně rozhodnout.

Podobu a náležitosti kvalifikační dohody stanovuje § 234 zákoníku práce. Dle tohoto ustanovení je součástí kvalifikační dohody závazek zaměstnavatele umožnit zaměstnanci zvýšení kvalifikace a závazek zaměstnance setrvat u zaměstnavatele v zaměstnání na sjednanou dobu, nejdéle však na dobu pěti let, nebo uhradit zaměstnavateli náklady spojené se zvýšením kvalifikace, které zaměstnavatel na zvýšení kvalifikace zaměstnance vynaložil, a to i tehdy, když zaměstnanec skončí pracovní poměr před zvýšením kvalifikace. Závazek zaměstnance k setrvání v zaměstnání začíná od zvýšení kvalifikace.

Kvalifikační dohoda musí obsahovat zákonem stanovené povinné náležitosti. První takovou náležitostí je vymezení druhu kvalifikace a způsob jejího zvýšení nebo prohloubení. Další nezbytnou náležitostí je uvedení doby, po kterou se zaměstnanec zavazuje setrvat u zaměstnavatele v pracovním poměru po ukončení, zvýšení nebo prohloubení kvalifikace. V kvalifikační dohodě musí být také vymezeny druhy nákladů a celková částka nákladů, které by musel zaměstnanec uhradit, pokud by porušil svůj závazek setrvat v zaměstnání. Pokud by zaměstnavatel poskytoval zaměstnanci pouze náklady uvedené v § 232 zákoníku práce, zejména se jedná o pracovní volno s náhradou mzdy nebo platu ve výši průměrného výdělku v rozsahu nezbytně nutném k účasti na vyučování, výuce nebo školení, popř. na přípravu a vykonání zkoušky, pak náhrada, kterou bude muset uhradit zaměstnanec v případě nesplnění svého závazku setrvat v pracovním poměru, bude představovat náhradu mzdy, která byla zaměstnanci vyplacena za dobu poskytnutého pracovního volna ke studiu nebo ke složení zkoušky.

V případě, že zaměstnanec poruší svůj závazek setrvat u zaměstnavatele v pracovním poměru, pak je povinen nahradit zaměstnavateli pouze skutečně vynaložené náklady na zvyšování, popř. prohlubování kvalifikace, které nicméně nesmějí být vyšší, než částka nákladů dohodnutá ve smlouvě. I v případě, že by tyto skutečně vynaložené náklady byly vyšší než nejvyšší dohodnutá částka uvedená ve smlouvě, pak je zaměstnanec povinen nahradit pouze tuto dohodnutou částku. Pokud by zaměstnanec nesplnil svůj závazek setrvat u zaměstnavatele v pracovním poměru jen částečně, pak se jeho povinnost k náhradě poměrně sníží.

V případě, že by zaměstnavatel poskytoval zaměstnanci i vyšší nebo druhově odlišné náhrady, než které jsou uvedeny v § 232 zákoníku práce, pak je nezbytné, aby druhy a výše těchto náhrad byly v dohodě řádně specifikovány, a to z toho důvodu, že v případě, že zaměstnanec poruší svůj závazek a nesetrvá u zaměstnance v pracovním poměru po dohodnutou dobu, pak je povinen uhradit zaměstnavateli pouze výši a druh nákladů, které jsou přesně sjednané a vymezené v dohodě. Konkrétním vymezením druhu nákladů se rozumí např. cestovní výdaje, příspěvek na učební materiály apod.

Dle rozsudku Nejvyššího soudu ze dne 8.7.2014, sp. zn. 21 Cdo 97/2013, je platně uzavřená kvalifikační dohoda ve smyslu ustanovení § 234 zák. práce právním důvodem, na základě kterého je zaměstnavatel oprávněn po zaměstnanci požadovat vrácení nákladů spojených se zvýšením kvalifikace zaměstnance.

Postup při porušení kvalifikační dohody upravuje § 235 zákoníku práce. Zaměstnanec, který poruší svůj závazek z kvalifikační dohody pouze zčásti je povinen nahradit náklady na zvýšení nebo prohloubení kvalifikace poměrně podle míry porušení dohody. V § 235 odst. 3 zákoníku práce jsou uvedeny situace, za kterých povinnost zaměstnance k úhradě nákladů z kvalifikační dohody nevzniká. Jedná se například o případy, kdy se zaměstnanec stal dlouhodobě nezpůsobilým pro výkon práce, pro kterou si zvyšoval kvalifikaci, a to bez svého zavinění, nebo pokud zaměstnanec nemůže vykonávat dosavadní práci z důvodu pracovního úrazu či nemoci z povolání, popř. také pokud zaměstnavatel nevyužíval v posledních 12 měsících nejméně po dobu 6 měsíců kvalifikaci zaměstnanci, kterou dosáhl na základě kvalifikační dohody.

Z výše uvedeného lze vyvodit závěr, že náhradu skutečně vynaložených nákladů na zvyšování, popř. prohlubování kvalifikace je zaměstnavatel oprávněn po zaměstnanci, který poruší svůj závazek setrvat v pracovním poměru u zaměstnavatele po dohodnutou dobu, nejvýše však po dobu pěti let, požadovat pouze za podmínky, že v kvalifikační dohodě druh a výše nákladů budou přesně specifikovány, a že zaměstnavatel bude schopen prokázat, že dané náklady byly skutečně vynaloženy. Maximální výši náhrady nákladů, kterou však zaměstnavatel je oprávněn po zaměstnanci vyžadovat pak nesmí převýšit výši nákladů sjednaných v dohodě.